Cookie Targeting hat im Vergleich zu Alternativen einige Nachteile. Vor allem steht es im Mittelpunkt von Datenschutzbedenken. Die Verwendung von Cookies zur Nachverfolgung von Nutzeraktivitäten kann als invasive Praxis wahrgenommen werden und hat zu strengeren Datenschutzbestimmungen geführt, die die Sammlung und Verwendung von Cookies einschränken. Dies kann die Wirksamkeit des Cookie Targeting beeinträchtigen.

Darüber hinaus sind Cookies anfällig für technische Probleme wie das Löschen von Cookies oder das Blockieren des Tracking durch Browsererweiterungen. Dies kann die Genauigkeit des Targeting beeinträchtigen. Im Gegensatz dazu bieten alternative Ansätze wie kontextbezogenes Targeting eine weniger intrusive Möglichkeit, relevante Inhalte anzubieten, ohne die gleichen Datenschutzprobleme aufzuwerfen.